No; la radio del ZBT-2 funciona en un solo modo a la vez: o Zigbee (con ZHA o Zigbee2MQTT) o Thread (con OpenThread Border Router). Para ambos protocolos simultáneamente hay que conectar dos adaptadores al mismo equipo.
El ZBT-2 es el adaptador oficial de Home Assistant: su firmware se actualiza desde la propia interfaz y puede trabajar también en Thread. El ZBDongle-E es compatible y muy extendido, pero su firmware se gestiona manualmente y solo funciona en Zigbee.
Con las dos. Sale de fábrica en modo Zigbee y es el adaptador recomendado tanto para ZHA como para Zigbee2MQTT.
Home Assistant incluye asistentes de migración para los adaptadores más habituales. El proceso varía según el adaptador de origen; consulta la guía del ZBT-2 para los pasos exactos.
Sí; al Home Assistant Green, por ejemplo, se puede conectar el ZBT-2 para Zigbee y el Connect ZWA-2 para Z-Wave simultáneamente, cada uno con su integración.